يحتوي هذا الكتاب على معجم لكلمات القرآن الكريم، فيبرز الكلمة أولاً، ثم يأتي بالآية التي وردت فيها ورقمها، وسورتها ورقمها، مع تمييز موضع الشاهد في الآية باللون الأسود، ليسهل تعرّفها.

ويعتمد الكتاب منهجاً جديداً في التأليف، في طريقة تناوله لكلمات القرآن الكريم لأسباب منطقية تخدم القارئ، فيورد الكلمة بالرسم الإملائي المعهود، بصيغتها الواردة فيها فعلاً أو اسماً، إفراداً وتثنية وجمعاً، متصلة بالضمائر، مضبوطة بالشكل، دون ردها إلى جذرها أو مصدرها، ودون تجريدها إلا مما اتصل بها في أولها في ترتيب ألفبائي معجمي سهل حسب أوائلها، يتبع منهج الدار الفكر المتميز، فيأتي مثلاً بكلمة (موقوتاً) في حرف الميم، ويستبعد كل الضمائر المنفصلة وأسماء الإشارة والاستفهام وجميع الحروف.

يقدم المعجم الكلمة الأقل حروفاً على الأكثر حروفاً؛ فكلمة (الصلاة) نبحث عنها في حرف الصاد، وتقدم على كلمة (صلاتك) التي تقدم على كلمة (صلاتكم)، وترتب الكلمات المتفقة الحروف حسب الحركة الأضعف لجميع حروفها، فيقدم السكون فالفتح فالضم فالكسر، ويتبع هذا الترتيب في الكلمات المنونة فيبدأ بالكلمات المفتوحة وبعدها المنونة بالفتح إلا ما كان تنوين الفتح على الألف فيتأخر عن جميع الحركات، ثم يأتي بالضم وبعده تنوينه، ثم بالكسر وبعده تنوينه.

ظهرت المقالة معجم كلمات القرآن العظيم أولاً على الجامع لعلوم القرآن الكريم.